Mediacja jest instytucją, która kieruje się kilkoma zasadami, które czynią z niej tak szczególną metodę radzenia sobie z konfliktami i sporami w różnych obszarach życia społecznego – także w sytuacji konfliktów w szkole. Warto przytoczyć niektóre z nich odnosząc je do specyfiki społeczności szkolnej.
Dobrowolność – każdy z uczestników mediacji bierze w niej udział z własnej i nieprzymuszonej woli. W każdym momencie istnieje możliwość wycofania się. Strony powinny być do mediacji raczej zachęcane, aniżeli zmuszane. Warto pokazać stronom konfliktu korzyści płynące z udziału w mediacji oraz alternatywne rozwiązania np. zastosowanie kar przewidzianych w odpowiednich dokumentach szkolnych. Każda ze stron konfliktu ma podczas mediacji możliwość jego samodzielnego rozwiązania i wyboru satysfakcjonujących ustaleń. Rezultatem mediacji może być ugoda mediacyjna (porozumienie). Zrealizowanie zobowiązań w niej przyjętych nie jest już kwestią dobrowolności ale obowiązku i może być monitorowane (sprawdzone) przez kogoś z dorosłych np.: pedagoga szkolnego, czy wychowawcę klasy.
Poufność – mediator nie ujawnia nikomu tego, czego dowiedział się prowadząc mediację. Funkcjonujący w ramach Szkolnego Centrum Mediacji mediatorzy nie powinni być wzywani przez personel szkoły (np.: dyrektora, wychowawcę klasy), żeby zdać relację z przebiegu mediacji. Nie sporządza się z mediacji czegoś w rodzaju stenogramu, co umożliwiałoby odtworzenie przebiegu mediacji. Ugoda mediacyjna podpisana przez strony mediacji nie jest objęta poufnością i może być udostępniona rodzicom uczniów, którzy brali udział w mediacji, wychowawcy klasy, czy dyrektorowi szkoły.
Bezstronność – podczas mediacji żadna ze stron nie jest faworyzowana przez mediatorów. Każda z nich ma jednakowe prawa i obowiązki. Mediator dba o przebieg rozmowy nie stając po żadnej ze stron i nie przyjmując roli pełnomocnika/ obrońcy żadnej z nich. Z punktu widzenia efektywnego rozwiązania konfliktu nie jest również konieczne wykazanie/udowodnienie czyjejś winy. Niezbędna jest natomiast zgodność co do zaistnienia faktu/ zdarzenia np.: bójki, zniszczenia rzeczy osobistych, itp. To na tej podstawie mediatorzy zadają stronom pytania o to, jak powinna wyglądać ich przyszłość, aby była lepsza niż przeszłość, która rodziła konflikty i nieporozumienia.
Neutralność mediatora wobec przedmiotu sporu – mediator nie narzuca stronom gotowych rozwiązań, lecz pomaga im je wypracować. Dba o realność i konkretność zawartego porozumienia. Dokłada również starań, aby porozumienie między stronami konfliktu nie stało w sprzeczności z zasadami współżycia społecznego w szkole, aby nie było sprzeczne np.: z regulaminem czy statutem szkoły. Poprzez stosowanie zaawansowanych technik mediacyjnych mediatorzy upewniają się, że strony konfliktu są świadome zobowiązań przyjętych na siebie w ugodzie mediacyjnej.
Akceptowalność – strony mediacji mają prawo w ważnych przypadkach poprosić o zmianę mediatora lub mediatorów. Dzieje się tak np. wówczas, gdy mediatora łączą relacje z jedną ze stron i mogłoby to stanowić zagrożenie dla jakości postępowania mediacyjnego. W takiej sytuacji osoba kierująca Szkolnym Centrum Mediacji powinna wyznaczyć innego mediatora do poprowadzenia danej sprawy
